Музей состоит из экспозиции по истории медицины и тематических учебных экспозиций на кафедрах. Сегодня музей ПСПбГМУ — это культурно-образовательный комплекс, где студенты, сотрудники и все заинтересованные могут получить консультацию по вопросам истории медицины, медицинского образования и материалам музея, хранящимся в экспозиции и фондах музея.
Музей университета регулярно организует тематические выставки, принимает участие в вузовских и городских музейных научно-практических конференциях и мероприятиях. Таких как: Ночь музеев, Форум малых музеев, «В музей – сегодня, в науку – завтра!» и других.